東京水上警察署の刑事・碇拓真（佐藤隆太）は、青海埠頭公園に展示されている南極観測船『海雪』の船内で福本宗介の死体が発見された事件に、『湾岸ウォリアーズ』初代総長で、現在は人材派遣会社『湾岸海洋ヒューマンキャリア』の社長でもある黒木謙一（柿澤勇人）が関わっていると確信する。しかも『海雪』の移転工事に関わっていた関係者の中には、『湾岸海洋ヒューマンキャリア』に派遣社員として登録されていた三上慎吾（松本怜生）の名前もあった。

折しも首都圏には大型の台風が接近しており、明日にも上陸が予想されていた。首都圏直撃に備え、東京水上警察署には災害対策本部が設置される見込みだという。そうなると署員全員が警備に回されてしまうため、碇たちは、正式に災害対策本部が立ち上がる前に『海雪』事件を解決しようと動き始める。

細野由起子（山口紗弥加）らが『海雪』の関係者を洗う一方、日下部峻（加藤シゲアキ）は三上を呼び出して事情を聞こうとする。ほどなく三上は、恋人の峰岸華絵（花柳のぞみ）に付き添われて水上警察署にやってくる。だが、黒木との関係を問われた三上は、彼が『湾岸海洋ヒューマンキャリア』の社長だということは入った後で知った、と返す。

一方、由起子たちは、黒木と元海技職員の大沢俊夫（小林隆）が料亭で会っていた人物の中に、『海雪』移転工事の請負業者だけでなく、港湾局の人間もいたことを突き止める。