碇拓真（佐藤隆太）は、東京水上警察署署長の玉虫肇（椎名桔平）から、2日前に起きた刺殺体ボート漂流事件の捜査を指示される。一方、日下部峻（加藤シゲアキ）からプロポースされた有馬礼子（山下美月）は、彼の気持ちにどう応えるべきかわからずに苦しんでいた。日下部と礼子の関係に気づいていた細野由起子（山口紗弥加）は、そんな礼子に声をかけ、相談に乗った。礼子は、日下部のことだけでなく、自分自身が揺れやすくなっている、とその胸の内を打ち明ける。

するとそこに、碇から連絡が入る。行き詰まっている刺殺体ボート漂流事件の捜査に礼子も参加してほしいというのだ。被害者は都内の産廃処理業者・桂孝一。発見時、桂の遺体は鎖でぐるぐる巻きにされ、左胸には銛が突き刺さっていた。その姿からこの事件は、魚の命を無駄にした商人が海の神・ソラナギの怒りを買い、最後には鎖で縛られ銛で心臓を突かれるという絵本『ソラナギ物語』になぞられ『ソラナギ事件』とも呼ばれていた。遺体は、ボートの中に満ちていた海水で冷やされていたため死亡推定時刻はまだ調査中で、犯行現場も分かっていない状況だった。玉虫は、海の専門家である海技職員の知識を駆使して、遺体がどこから流れてきたものなのかを特定するよう礼子に指示する。捜査への参加を承諾した礼子は、ただちに潮流データの分析・計算を行い、遺体を乗せたボートの出発点と時刻を割り出すが……。