東京オリンピックから早4年。防犯カメラの普及で犯罪検挙率が向上した陸地と違い、今なお犯罪の穴場になっている水上対策のため、警視庁は湾岸部に『東京水上警察署』を復活させる。そこに集められたのは、強い個性を持った経歴も性格もバラバラな集団だった。

強行犯係の係長でリーダーの碇拓真（佐藤隆太）は、所轄刑事として20年以上働いてきたが、私生活を顧みなかったせいかバツ2で3人の子持ち。しかし刑事としての観察眼は鋭く、事件解決のためなら危ない橋も平気で渡る男だ。日下部峻（加藤シゲアキ）は、警視庁本部のエリート集団である捜査一課から望まぬ異動で水上警察署に配属された刑事。手柄をあげて一刻も早く本部に戻ろうと考えている。有馬礼子（山下美月）は、警察官ではなく、船舶免許を持ち、海や川の完全を守る警察の専門職員・海技職員だ。そして水上警察署を束ねる署長は、有馬と同じ海技職員から警察官にくら替えした異色の経歴を持つ玉虫肇（椎名桔平）だった。

水上警察署発足からまもなく、人間の指らしきものが入っている発泡スチロールの箱が漂流しているとの通報が入る。警備艇『あかつき』でただちに現場へと向かう碇たち。すると箱の中には、黒く変色した指のようなものと溶けかけたメモが入っていた。メモはほとんど判別できない状態だったが「次は」という文字が書いてあるように見えた。水上署には捜査一課と合同の捜査班が立ち上がるが……。