201X年、日本・中国・韓国は、中国の架空の都市、海湾（ハイワン）に三国経済共同区域を作り、3国の企業が自由に企業活動をしている。しかし、これは表面的な姿にすぎない。3国の主要情報局によると、3カ月以内に海湾を中心とした大規模な自然災害が80%以上の確率で発生すると予測している。もしこの自然災害が発生すれば、想像を超える多くの被害と経済的混乱が予想されるため、各国は情報収集と対応策の立案に全力をあげて取り組んでいた。

そんな中、この大規模な自然災害を防ぐためのたった1つの方法として、海湾のある地点の地下に特殊な装置を設置することで、大半の被害を防げる可能性があることを知る。ただし、そのためには、最先端の科学技術と莫大な資金が必要だ。アジア経済の中心である日本、中国、韓国の政府は、これがアジアを救う唯一の方法であると確信し、協力体制を構築の上、プロジェクトを速やかに進めることを決定する。しかし、何者かが関係者の暗殺を計画し、プロジェクトを妨害しようとする。一体誰が、なぜこのプロジェクトを妨害しようとしているのか。目的もわからない敵に立ち向かうため、3国は『Strangers 6』という極秘チームを結成することになる。

『Strangers 6』、そのメンバーは、日本公安警察に所属する皆藤悟と立花賢治。韓国国家情報院のパク・デヒョンとアン・ジヘ、中国公安局のファン・ハイリェン、ウォンチン、そして各国のプロフェッショナルで構成された秘密要員で、主な任務はプロジェクトを進めるため、関係者の生命を守り、首謀者と組織を明らかにし、阻止することだ。国籍も、価値観も異なる6人の男女が私情を越え、国籍を越えて力を合わせ、時には反目し合いながらも友情を育て、アジアの人々を守るために命を懸けて戦っていく。