日本の近海で、海上自衛隊の潜水艦が米原潜に衝突し沈没した。艦長の海江田四郎（大沢たかお）を含む全76名が死亡との報道に衝撃が走る。だが実は、乗員は無事生存していた。事故は、日米政府が極秘に建造した高性能原潜「シーバット」に彼らを乗務させるための偽装工作だったのだ。米艦隊所属となった「シーバット」、その艦長に任命されたのが海自一の操艦を誇る海江田であった。ところが、海江田は「シーバット」に核ミサイルを積載し、突如反乱逃亡。海江田を国家元首とする独立戦闘国家「やまと」を全世界へ宣言した――。
「やまと」を核テロリストと認定し、太平洋艦隊を集結させて撃沈を図る米国。米国より先に「やまと」を捕獲すべく追いかける、海自ディーゼル艦「たつなみ」。その艦長である深町（玉木宏）は、過去の海難事故により海江田に並々ならぬ想いを抱いていた……。大義か、反逆か。日米政府、海上自衛隊、米海軍までをも運命の荒波に呑みこむ、海江田四郎の目的とは――？