時は江戸時代中頃、横浜あたりのとある宿場町からこの話は始まる。

茶屋にやってきた見るからにワルそーな男・ムゲン。そこでは代官のバカ息子と取り巻きのチンピラたちが、親の権力をカサに傍若無人のドンチャン騒ぎを繰り広げていた。ハラペコだったムゲンは、チンピラにからまれていたバイト娘・フウのピンチを、「団子100個」で助けることを決定。まるでブレイク・ダンスでも踊るような無茶苦茶な剣法で、チンピラ軍団を斬っていく。

そこに現れた旅の剣士ジン。バカ息子の仲間だと勘違いしたムゲンが、問答無用と襲い掛かる。二人の壮絶な戦い。野獣の様な剣と流麗な剣。お互い、初めて自分と互角にわたり合える男が現れた事に驚く。

しかしアドレナリン全開で戦いに夢中になるうち、なんと茶屋が火事に。お構いなしにバトルを続ける二人であったが、あえなく炎に飲み込まれてしまう。

気が付けばそこは代官屋敷、さっきコケにしたチンピラバカ息子のオヤジ、すなわち“お代官様”登場というサイアクのシチュエーション。明日はメデタク打ち首だ・・・。
ボコボコにされて牢屋にぶち込まれた二人の前に、先程の茶屋のバイト娘フウが、現れる。フウは二人に「ヒマワリの匂いのするサムライ」を探す旅に用心棒としてつきあって欲しいと要求。
処刑当日、危機一髪の二人。大立ち回りの末、脱出に成功するムゲンとジン。その二人を追ってくるフウ。

三人の珍道中の幕は、こんな調子で開けてしまうのであった。