湾岸署（通称・空き地署）の刑事・青島俊作（織田裕二）と恩田すみれ（深津絵里）は、管内の川で発見された不可解な水死体の捜査にあたる。解剖の結果、遺体の胃からテディ・ベアが見つかり、事件は猟奇殺人事件へと発展。一方で署内では窃盗事件が相次ぎ、さらには警察庁や警視庁を震撼させる重大事件まで発生する。
捜査本部が湾岸署に設置されるものの、複数の事件が錯綜し捜査は難航。やがて警察は公開捜査へと踏み切り、青島とベテラン刑事・和久平八郎（いかりや長介）は独自に真相を追う。しかし、その背後では凶悪犯の影が迫っていた。湾岸署史上最悪の3日間の中で、青島たちは事件の真相にたどり着くことができるのか――。