交番勤務のダメ巡査、菊川玲二（生田斗真）は、ある日突然クビになり超キケンな犯罪組織への潜入捜査官、すなわち“モグラ”になることを任命され、広域指定暴力団・数寄矢会に潜り込んだ。何度も死にかけながらも、ケーサツである身分もなんとかバレずに生き抜いた玲二。最終ターゲットの数寄矢会会長・轟周宝（岩城滉一）は挙げられなかったものの“クレイジーパピヨン”こと日浦匡也（堤真一）に気に入られ、兄弟の契りを交わしてしまった玲二は極道の世界にさらに深く潜っていくハメに！
それから…警視庁組織犯罪対策部のエースとして正義感あふれるエリート警官・兜真矢（永山瑛太）が就任。警察官とヤクザの癒着の撲滅を目指す兜にとって数寄矢会とつながる玲二は許せない存在だった。その頃、玲二に轟周宝からビッグミッションが！それは、極悪非道のチャイニーズマフィア・仙骨竜を叩きのめすこと。そして轟周宝とその娘・轟迦蓮（本田翼）のボディガードになることだった！まさかの任務を与えられた玲二に警察の中から海の外から、かつてない危機が次々と襲いかかる！そしてその裏では、日本中をも巻き込むような、巨大な陰謀が動き始めていた。“本気”と書いて“マジ”と読む男の新たなる潜入伝説が幕を開ける――！