元・交番勤務の巡査、菊川玲二（生田斗真）は警察学校を史上最低の成績で卒業。月間の始末書枚数、ワースト記録樹立。正義感は人一倍強く、誰にも遠慮することなくハッキリ物を言う、気高い心意気を持つ男。
ある日、署長より突然クビを言い渡され、犯罪組織に潜入してターゲットを挙げる潜入捜査官、通称〈モグラ〉となり、合成麻薬MDMAの密売ルートを暴くべく、関東一円を地盤とする武闘派暴力団組織・数寄矢会（すきやかい）会長、轟周宝（とどろきしゅうほう・岩城滉一）を挙げることを命じられる。
覚悟を決め、闇カジノ「虎ジャガー」に潜り込み、数寄矢会傘下・阿湖義組（あこぎぐみ）の若頭“クレイジーパピヨン”こと、日浦匡也（ひうらまさや・堤真一）に気に入られる玲二。
しかし、渦巻く数寄矢会内部での権力闘争、そして関東進出を狙う日本最大の暴力団組織・蜂乃巣会（はちのすかい）との抗争も勃発し、玲二は次から次へとピンチに陥る。果たして、玲二は無事に轟周宝を挙げ、モグラとしての任務を果たすことができるのか…！？