黄色い謎の生物ミニオンは、人類が誕生するはるか昔から存在した！？彼らの生きがいは、その時代の最強で最悪なボスの仲間になること。しかし、そのボスたちの命はなぜか長続きしない。いつしかそんなボスはいなくなり、ミニオンたちは生きる目的を失いつつあった。ミニオンたちの滅亡の危機が迫る1968年（怪盗グルーに出会うまであと42年！）、3人のミニオン―ケビン、スチュアート、ボブが仲間たちを救うべく立ち上がった。