五島健助（吉岡秀隆）は、将来を嘱望された優秀な医師として東京の病院に勤務していた。だが、ある事をきっかけに健助は医師のいない孤島への赴任を志願。南の島の村にやってきた。
だが、医者の招聘に積極的な役場の民生課課長・星野正一（小林薫）以外の村人たちは、やってきてはすぐ去って行く医者たちのことは全く信用しておらず、健助もまた単なる「変わり者」としか見てもらえずにいた。それでも健助は、診療所で星野の娘で看護師の彩佳（柴咲コウ）とともに患者がやって来るのを待った。
そんなある日のこと、漁師の原（時任三郎）の一人息子・剛洋（富岡涼）が急性虫垂炎になった。健助は、至急手術が必要と判断するが、原は村の医者は信用できない！と本土の医者に見せるため、剛洋を漁船に乗せるとさっさと出港してしまう。本土までの6時間、剛洋は持ちこたえられないと思った健助は、彩佳とともに漁船に飛び乗った。