それは簡単な任務のはずだった…。舞台は、神話の中にだけ存在するとされた謎の島、髑髏島（ドクロトウ）。未知の生物を求め調査遠征隊が潜入するが、島に着くやいなや、状況は一変する。島の至るところに、骸骨が散らばり、そして岩壁には血塗られた巨大な手跡。そこは人が決して足を踏み入れてはいけない場所だった…。そしてついにその姿を現す、巨大なる王キングコング。そして次々と現れる、正体不明の巨大モンスターたちに人間はなすすべもなく、逃げ惑うのみ。髑髏島の秘密とは―。果たしてコングは人類にとって悪魔なのか、神なる存在なのか―。人類は生きて、この島から脱出できるのか―。