江戸時代後期、江戸城“大奥”の支配をもくろむ巨悪の腐敗に迫るため、毒々しくも華やかな大奥に身ひとつで潜入することとなったヒロイン、縫（ぬい）。お墨付きを巡る抗争、策略に満ちたし烈な争い。点と点がつながったその時、明かされる真実…。果たしてお世継ぎはどうなるのか！？
養父を突然の死で失った縫（米倉涼子）。思いを寄せる従兄弟の島田新之助（山本耕史）は刀を捨て医学を学ぶという。後見人である脇坂安薫（竹中直人）に見送られ、2人は別々の道を歩むことに。
5年後、十一代将軍・徳川家斉（津川雅彦）は晩年もなお実権を握っていた。側室・お美代の方（中村優子）の後ろ盾である中野石翁（國村隼）は次の将軍を定めるお墨付きを家斉に書かせるべく策を弄していた。
一方、お登美と名乗って大奥へ潜入していた縫はお美代の方に気に入られ昇進。やがて縫は感応寺の僧侶たちと佐島（高畑淳子）ら中臈たちの密通を突き止める。縫が危険を顧みずに潜入捜査を引き受けたのは新之助のため。政権が正され、また侍として表舞台に出て欲しい…。現在の新之助は闇医者となって富本節の師匠・豊春（夏川結衣）という女性の元に身を寄せていた。
ある日、家斉が倒れ、それを利用した中野石翁はお墨付きを手に入れる。そこには次期将軍は前田犬千代と記されていた。後継者争いはこれで決着がついてしまうのか！？縫、新之助、豊春、3人の恋の行方は…？