“医龍”こと朝田龍太郎（坂口憲二）が、明真大学付属病院を去ってから数年――。
明真はかつての野口賢雄（岸部一徳）のスキャンダルで患者が激減、外科医のレベル低下により訴訟が絶えないなど信用は地に落ちていた。新学長となった鬼頭笙子（夏木マリ）は記者会見で教育・臨床・研究を柱に明真の再建を目指すと宣言する。同じ頃、アメリカでは加藤晶（稲森いずみ）が幼い少女の心臓移植を成功させ、外国人教授たちを驚愕させていた。そして、とある戦地では朝田が爆撃により負傷した女性の治療にあたっていた。
明真のERにバイク事故により川に放り出された患者が運び込まれてきた。すぐにオペに入る伊集院登（小池徹平）と木原毅彦（池田鉄洋）だが、手のくだしようのない状況に諦めようとしたその時、オペ室に朝田が現れた。朝田はオペ続行を告げ、見事な手腕で成功させる。見学室では、その一部始終を鬼頭と加藤が見つめていた。さらに鬼頭は藤吉圭介（佐々木蔵之介）が勤める病院を訪れ、明真に戻り再生医療研究を完成させるよう説得。明真でチームドラゴンの復活が噂される中、荒瀬門次（阿部サダヲ）は、1年前に執刀医のミスにより患者を死なせてしまった事件以来、オペには入らなくなっていた。
藤吉の依頼で、明真に17歳の菅谷有希奈（宮内ひとみ）が転院してきた。有希奈は極めて珍しい心臓の病気で、どこの病院でも外科的治療は不可能と診断されていた…。