人類がエイリアンとの壮絶な死闘に勝利を収めてから20年後の2016年7月、エイリアンがアフリカに残した宇宙船が密かに覚醒する。それは地球に仲間を呼び寄せるSOS信号だった。まもなく人類が建造した月面基地を粉砕し、地球にやってきたエイリアンは想像をはるかに超える進化を遂げ、重力を自在に操り、ニューヨーク、ロンドン、パリ、シンガポール、ドバイといった各国の主要都市を次々に破壊する。ESD（宇宙防衛軍）の部長デイビッド、元合衆国大統領ホイットモア、若き戦闘機パイロット、ジェイクらの必死の奮闘もむなしく、敵の猛攻撃にさらされて防衛システムを無力化された人類は、瞬く間に滅亡の危機にひんしていくのだった…。