1999年、フィリピン。大規模な鉱山崩落事故が発生。調査のため現地を訪れた芹沢博士は、そこで太古の昔から存在する驚がくの物体を発見する。同年、日本。日本の原子力発電所で働くジョー・ブロディは、妻のサンドラ、息子のフォードと一緒にいられる時間は少ないが、今晩だけは早く帰途についた。というのも今日は自分の誕生日。サンドラとフォードがサプライズパーティーの準備をしてくれているからだ。しかし、楽しい計画もつかの間、原子力発電所で原子炉崩壊の大事故が発生する。原因は不明。最愛の妻・サンドラは事故の犠牲となり、パーティーは悲しい幻に終わる。
2014年。空軍兵器係となった息子のフォードは、サンフランシスコに居を構えながら、世界中を飛び回っていた。そんな彼のもとに一報の連絡が入る。父のジョーが、今もなお立ち入り禁止区域となっている原子力発電所跡地に不法侵入し、逮捕されたというのだ。身柄引取りのため、フォードは急いで日本に飛ぶ。15年ぶりに再会を果たしたのは日本の警察の取調室であった。「妻を失ったこの地で何があったのか、知りたいんだ」「あの発電所には秘密がある。妻の死にも関係があるはずだ」。ジョーとフォードは改めて原子力発電所の跡地に侵入する決意をする。しかし、そこでふたりが見たものは、あの芹沢博士を中心に研究されている恐るべきプロジェクト。暗闇の中で、巨大な生物の黒い目が輝いた…。