鬼切村…そこは東京の外れであるが、終戦直後の寒村を思わせる風情が漂っている。物語は、堀部家の当主・堀部伍平の死から始まる…。
鬼切村には、堀部一族が運営するパン工場「堀部パン」がある。伍平の甥であり、副社長の堀部大吉（千葉哲也）、専務であり大吉の弟・堀部音弥（藤原竜也）の元に、伍平の死が告げられる。
通夜の最中、運営に苦しむ工場のため、裏山を売ってレジャーランド建設を正式に決定することを音弥に告げる大吉。開発に反対だった伍平と同様に反対する音弥だった。
そんな音弥の元に訪れる鬼切村郷土資料館館長・天馬恭介（石坂浩二）。彼は、兄弟の小学校時代の恩師でもある。裏山の売買に関して相談する2人。村の自然を愛する天馬のため、どんなことをしてでも開発を止めることを誓う音弥。
翌日、天馬の仕事を手伝う音弥は、1冊のノートを見つける。それは、小学校時代に書いた自由研究のノートだった。テーマは「僕の考えた完全犯罪のすべて」だった。その中には、様々な説明図と完全犯罪の方法が書き連ねてある。音弥の頭の中で何かが動き始める。そして、その夜、堀部家の2階では大吉が遺体となって発見された。
現場検証が始まった。そこへ1台のタクシーが到着する。登場するのは、ご存知・古畑任三郎（田村正和）。事件は、古畑が「これほど完璧な殺人計画を私は知らない」と唸るほど巧妙なトリックが仕掛けられた事件へと発展する。