代々警察官の家系である平塚家。秘かに協力し、これまで数々の難事件を解決に導いてきたのは、「探偵」という別の顔を持つ梨の妖精・ふなっしー。現在ふなっしーは芝臨海警察署の刑事・平塚平助（児嶋一哉）と相棒を組み、日々さまざまな事件の捜査に当たっている。

ある日都内多数の場所で爆破事件が次々に発生して都民を不安に陥れる。事件の前日、警察には30年前に爆弾事件を起こした「地獄のスノーマン」を名乗る脅迫状が届いていたことが分かる。脅迫状への対策を怠っていたことを署長から責められた平助の上司・馬場課長（木下ほうか）は、ネチネチとしたイヤミを平助にぶつけながら、連続爆破事件の犯人逮捕に向けた捜査を命じる。

実は30年前に起きた「地獄のスノーマン」による爆弾事件は、ふなっしーと、当時相棒を組んでいた平助の父・平八郎が、唯一犯人を捕まえられなかった事件であった。そんななか警察署に宅配便でスノーマン柄の箱が届く。開封すると中に入っていたタブレットが起動し、爆発物を仕掛けたというメッセージと暗号が表示される。犯人から暗号解読の指名を受けた平助は、ふなっしーと協力して暗号解読に挑む。

各地のご当地キャラたちで結成しているFNS（ふなっしーネットワークシステム）の応援を受けたふなっしーと平助は、都民に迫る危機を回避することができるのか…？