新感覚ミステリー！全く新しい形の「デジモン」が始まる！！

中学1年生の天ノ河宙は、父が残した「デジヴァイス」という謎のデバイスを起動したことで、普通の人には見えない未知の生き物――「デジモン」たちの姿が見えるようになる。

父から預けられたやんちゃなデジモン「ガンマモン」と出会ったその日から、宙は様々な怪奇現象に巻き込まれていく。

人間の時間を盗む「口縫い男」や、夜な夜な徘徊して人間をさらう「ミイラ男」……。

ホログラムゴーストは、すぐそばで私たちを狙っているのだ。

ここから先は、誰も知らない世界の裏側の物語。宙はガンマモンや仲間たちとともに、デジモンたちが生きる不思議な世界に足を踏み入れていく。