日本の西の端にぽつんと在る美しい島・志木那島。絶海の孤島に、19年前東京からやってきた五島健助＝コトー（吉岡秀隆）。以来、島に“たったひとりの医師”として、島民の命を背負ってきた。長い年月をかけ、島民はコトーに、コトーは島民に信頼をよせ、今や彼は島にとってかけがえのない存在であり、家族となった。数年前、長年コトーを支えてきた看護師の星野彩佳（柴咲コウ）と結婚し、彩佳は現在妊娠7カ月。もうすぐ、コトーは父親に。
コトーは、彩佳、和田一範（筧利夫）、そして新米医師の織田判斗（髙橋海人）、そして島出身の看護師・西野那美（生田絵梨花）と共に診療所を切り盛り。しかし、日本の多くの地方と同じく、志木那島も過疎高齢化が進行。近隣諸島との医療統合の話が持ち上がりコトーに島を出て拠点病院で働かないかとの提案が。そうなればコトーは島を出て行くことに。それが島の未来のためになると理解しながらも、コトーは返事を出来ずにいた。
そんな折、島に近づく台風。想像を超える被害が発生。次々と診療所に運び込まれる急患。限られた医療体制で対応を強いられる診療所は野戦病院と化す。そして再び、コトーたちは“家族”である島民たちの優しさと人の命の尊さに向き合い葛藤することになる。
時として残酷な自然、時を経て宿った新たな命、失われゆくもの、立ちはだかる現実。
島はすべてを包み込んで、人々は、そこに生きている。