物語は、古代兵器に匹敵すると言われるエネルギー・ダイナ岩が奪われ、新世界が消滅の危機に晒（さら）される所から始まる！
首謀者は“NEO海軍”を名乗り、“全海賊抹殺”を企む伝説の元海軍大将・ゼット。
その牙はルフィたちにも向けられる！
さらに、襲い掛かる海軍本部の“正義”。一方、海軍を離れながらも、ひそかに麦わらの一味の動向を追う青キジ…。次々と迫る強大な力を前にしても立ち止まらないルフィたち！今、新世界の運命を賭けたかつてない闘いが繰り広げられようとしていた―。