特捜部の捜査から外された久利生公平（木村拓哉）が、麻木千佳（北川景子）と戻った城西支部は揺れている。殺人容疑で送致された南雲尊之（加藤虎ノ介）が担当検事の田村雅史（杉本哲太）と事務官の遠藤賢司（八嶋智人）の調べにより過去にも同じような傷害事件を犯していた可能性が浮上したからだ。そのうちの1件では、別の被疑者が逮捕、起訴され、刑罰が確定した直後、病気で他界している。もし、南雲の犯罪であれば、検察は冤罪（えんざい）を自ら認めることになってしまうからだ。
そんな中、南雲の第1回公判が開かれ、久利生が過去の事件を追求し始める。
一方、城西支部のメンバーは手分けして、過去の事件を検証し始める。当時の関係者として元検事の、国分秀雄（井上順）を訪ねて捜査への協力を求める。しかし、国分は頑として応じようとしない。過去の事件を含めた南雲の裁判が始まる。未だ決め手を欠くままの久利生たちに対し、南雲の弁護士、松平一臣（羽場裕一）は驚くべき手段をこうじてくるのだった。