桜木泉（上戸彩）が所属する特命捜査対策室第4係は、塚本圭吾（宮迫博之）が殺人犯係に異動が決まった話で盛り上がっていた。そこへ長嶋秀夫（北大路欣也）が現れ12年前の「巡査部長射殺事件」の凶器である拳銃が発見され、再捜査をすることになったと4係の面々に伝える。
12年前、巡査部長の百瀬邦弘（黄川田将也）は、殺人容疑で指名手配中の橋本幸生（青木伸輔）に射殺された。さらに、橋本は百瀬の遺体を焼き、現場から逃走。未だ逃走中である。
当時、事件の担当をしていた中馬武彦（北見敏之）と山口亮二（袴田吉彦）が、4係に現れる。塚本と高峰涼子（山口紗弥加）は、百瀬の受けた弾の数及び弾の受け方から、この事件は初めから仕組まれたもので怨恨によるもの、また共犯者の存在の可能性がある旨を伝えた。
そして数日後、百瀬の妻・静香（紺野まひる）が息子の望（今井悠貴）を連れ、4係に来る。倉田工（杉本哲太）は、百瀬が殺害されたのは計画的な犯行である可能性が出てきた旨を静香に伝え、百瀬が誰かから恨まれていなかったかを尋ねた。しかし、静香には特に心当たりがなかった。
一方、高峰は橋本の母・サト（田島令子）が働く小料理屋に、聞き込みに行った。そこで高峰は、橋本が指名手配になる前、山口が何度も橋本のもとを訪ねていたという話をサトから聞く。そして、4係は山口に橋本との関係を事情聴取することになり・・・。