とある田舎町。18歳のジャック（ニコラス・ホルト）は、貧しさから、かわいがっていた馬を手放すことになり、しぶしぶ市場へ向かった。そこへ、誰かに追われている様子の修道士が現われる。馬を譲ってほしいという修道士が差し出したのは、数粒の豆。修道士は「この豆を絶対に濡らすな」と言い残し、馬にまたがり姿を消した。家に戻ると、なけなしの馬を豆に変えてしまったことで、おじは激怒し、豆を投げつけて出て行ってしまう。ジャックは慌てて豆を拾い集めたが、最後の1粒はとうとう見つからなかった。
嵐になったその夜、ジャックの家に、道に迷ったと門を叩く者が現われる。それは、国王の娘であるイザベル姫（エレノア・トムリンソン）が変装した姿だった。イザベル姫は、王に決められた結婚から逃れるために、城を飛び出してきたのだ。やがて2人は互いに打ち解けあい、姫が自分の正体を明かしたところで、異変は起こった！床から突然、巨大な豆の木が飛び出したのだ！つるに巻き取られた家は、ぐんぐん上空へ運ばれていき、ジャックは地上へ落下、姫だけが天空のかなたへと連れ去られてしまう。
この国に語り継がれる伝説によれば、天空には巨人のすむ国があるという。すぐさま国王の命令のもと、衛兵エルモント（ユアン・マクレガー）率いるイザベル救出隊が結成され、ジャックも隊に志願する。迷路のようなつるをつたい、高さ1万メートルもの豆の木を辿って天空を目指すと、そこに伝説の国はあった。次々と襲いかかる困難の中、果たしてジャックはイザベル姫を助け出すことができるのか？そしてさらなる衝撃の展開が待ち受けていた…！！