幼い頃から超人的な力を持つ少年、クラーク・ケント（ヘンリー・カビル）。彼は親との約束でその特別な力を封印し、孤独な少年時代を過ごした。成長し、クラークを守ろうとして死んだ父（ケビン・コスナー）の「使命を突き止めろ」という教えに導かれて放浪の旅に出た彼は、遂に自分の真実を知る。爆発寸前の惑星クリプトンで、実の父親・ジョー＝エル（ラッセル・クロウ）が生まれたばかりの彼を地球へ送り出したのだ。己の正体に葛藤するクラーク。しかしその時、クリプトン唯一の生き残りであるゾッド将軍（マイケル・シャノン）と反乱軍がクラークが地球にいることを突き止めた。それは、人類の存亡を賭けた闘いが始まることを意味していた――！