黄色い謎の生物“ミニオン”は、人類が誕生するはるか昔から存在していたらしい！そして、彼らの生きがいは、その時代の最強で最悪なボスの仲間になること！過去にはTレックス、ドラキュラ、ナポレオンなど、そうそうたる悪党に仕えてきた。
しかし、ずっと同じボスに仕え続けることは難しかった。なぜなら、ミニオンたちが起こしたドジのせいで、ボスが死んでしまうからである。仕えるボスを探し求め、さまよい、たどり着いたのは無人の氷の洞窟。洞窟の中で独自の文化を築き上げるが、ボスがいない生活の中で、次第にミニオンたちは、生きる気力を失っていってしまう…。
そんな状況を改善するため、ミニオンの滅亡の危機が迫りつつあった1968年（怪盗グルーに出会うまであと42年！）。3人のミニオン（ケビン・スチュアート・ボブ）が仲間たちを救うべく立ちあがった！！地球史上“最強最悪”のボスを探す旅が今、始まる！！