陽気で好奇心旺盛、行動は予測不能、でも怪盗には絶対必要な仲間。
そう！世界最強の怪盗グルーのそばにはいつもミニオンたちがいた。

月を盗んで世界一の怪盗の名声を手に入れたグルーは、怪盗から足を洗い、娘として迎えた孤児三姉妹マーゴ、イディス、アグネス、相棒ネファリオ博士、そしていたずら好きな黄色い軍団・ミニオンたちと一緒に楽しく暮らしていた。
しかし、そんな平穏な日々も、長続きはしなかった。ある日、グルーは反悪党同盟の捜査官と名乗る美女、ルーシーに同盟本部に連れていかれる。その幹部から、極秘研究所で開発された突然変異を起こすPX41という薬が何者かに盗まれたことを聞かされ、盗んだ犯人を突き止めるよう依頼される。時を同じくして、ネファリオ博士、そしてミニオンたちが、何者かの手によって誘拐されてしまったのだ！
一見、全く役に立たないミニオンたちがなぜ？最強の仲間・ミニオンたちを助け出すために怪盗グルーとその娘たちが立ち上がる！