アメリカ独立記念日を控えた7月2日の早朝のニューメキシコ。
巨大な影が月を覆い、宇宙センターの衛星アンテナが奇妙な音をキャッチした。ホワイトハウスのホイットモア大統領（ビル・プルマン）は異常な物体接近の報告を大統領補佐官コンスタンス（マーガレット・コリン）、国防総省参謀本部長グレイ将軍（ロバート・ロジア）と共に知る。その頃、大統領夫人・マリリン（メアリー・マクドネル）はロサンゼルスにいた。巨大な物体は異星人の宇宙空母であることが判明し、突然人類への猛撃が始まり、大都市が壊滅状態になり、死者が続出。逃げまどう群衆で街はパニック状態に陥る。
7月3日、宇宙船からの攻撃でワシントン、ニューヨーク、ロサンゼルスなどの都市は廃虚と化し、地球滅亡の危機が迫っていた。
米大統領は人類の存亡をかけて、宇宙船への核攻撃を決行するが失敗に終わる。7月4日のインデペンデンス・デイ（独立記念日）、米大統領の指導の下、ついに人類は史上最大の作戦を開始する…。