その日、ジェリー（ブラッド・ピット）と妻、2人の娘を乗せた車は渋滞にはまっていた。一向に動かない車列に、これがいつもの交通渋滞でないことに気付くが、次の瞬間、背後から猛スピードで暴走するトラックが迫ってくる。必死で家族を守り、その場から逃げだしたジェリー。全世界では爆発的に拡大する“謎のウイルス”によって感染者は増加し続け、大混乱に陥っていた。
元国連捜査官として世界各国を飛び回ったジェリーに事態を収束させるべく国連事務次長でジェリーと旧知の仲であるティエリー（ファナ・モコエナ）から呼び出される。彼が手配した脱出用のヘリコプターに乗り、ジェリーと家族は本土を離れて国連指揮艦である航空母艦アーガスに乗り込むことができた。
今や感染は世界規模に拡大。合衆国大統領は死亡してホワイトハウスは混乱に陥り、世界の情勢を把握できるのはこの艦だけとなっていた。おびえる家族のそばにいたいという思いと、世界を救わなければならないという使命の狭間で、ジェリーは究極の選択を迫られる。感染の速度は加速する一方で、人類に残された時間はわずかだった―。