“偉大（グラ）なる（ンド）航路（ライン）”後半の海、“新世界”のある島に不気味なマークを掲げた一行が、乗り込んできた。首謀者は、元海軍大将・ゼット（大塚芳忠）。“NEO海軍”を名乗る彼らの目的は、古代兵器にも匹敵すると言われる巨大なエネルギーを持つ鉱物・ダイナ岩を盗み出すこと。部下のアイン（篠原涼子）・ビンズ（香川照之）と共に、ダイナ岩の奪取に成功した時、“全海賊抹殺”を企むゼットの“新世界”を揺るがす壮大な計画が動き出す…。
一方、“新世界”を快調に突き進む“麦わらの一味”。そこへ突如として現れたのは、右腕に大型の武器を着装し、傷だらけで漂っていたゼットであった。その異形の武器を警戒しつつも、ルフィ（田中真弓）たちはゼットを介抱する。しかし意識を取り戻したゼットはルフィたちが海賊だと分かると、有無を言わさず襲いかかってきた。迎え撃つルフィたちだが、その海賊への憎しみが込められた迷い無き猛攻を前に圧倒的に打ちのめされ、サニー号は半壊。仲間は敵の能力に侵されてしまう。そんな中、さらに襲いかかる海軍本部の“正義”。そして、海軍を離れながらも、ひそかに一味の動向を追う青キジ（子安武人）。次々と迫る強大な力を前にしても決して立ち止まらぬルフィたちは、やがて“新世界”の運命を賭けた戦いへと臨む！
今、史上かつてない死闘が繰り広げられようとしていた―。