マグニートーによる人類抹殺計画の野望を未然に防ぐことに成功したX-MEN。無意味な争いは終結するかに見えた。しかし、彼らの孤独な戦いは、すさまじい能力を持つ謎の襲撃者の出現によってさらに混迷の度合いを深めていく。
能力者同士の衝突は、一般市民をも巻き込んだ惨劇となり、ミュータント登録法案を求める政治運動や、世論を一気に呼び起こした。新たな運動の先頭に立ったのは、ミュータントへの生体実験を噂されている大富豪、ストライカー。彼の真の目的とは？そしてミュータント壊滅計画にさらされたX-MENの運命は？