“審判の日”の核戦争から10年後の2018年。
地球上のあらゆる都市が、人類に反旗を翻した超高性能コンピューターネットワーク“スカイネット”から核攻撃を受けた“審判の日（ジャッジメント・デイ）”以降、荒廃した世界。かろうじて生き延びた人間たちは抵抗軍を組織し、ジョン・コナーは、レジスタンスの部隊長としてスカイネット率いる機械軍との死闘に身を投じていた。その中、ジョンは、スカイネットが人々を生け捕りにし、生体細胞を複製しようとしている事実を知る。ついに、民間潜入型ターミネーター「T-800」の開発に着手していたのだ。
そんなある日、ジョンはマーカス・ライトと名乗る謎の男と出会う。彼は過去の記憶を一切失っており、脳と心臓以外すべて機械化されていた。自分は人間だと主張するマーカス。敵か味方か判断しかねるジョンだが、将来ジョンの父となる少年カイル・リースに身の危険が差し迫っていることをマーカスから知らされ、ジョンはある決意を固める…。