マリンフォードでの「頂上戦争」において、兄・エースを失ったルフィは、あらためて仲間の大切さを実感、深い悲しみを乗り越え、レイリーと共に覇気を習得するため、天険の地・ルスカイナ島で2年間の厳しい修業に入っていた。
そんな折り、1人の男の出現が世界を揺るがす。大監獄・インペルダウンのレベル6から脱獄した男・バーンディ・ワールドが、かつての仲間を引き連れ、海軍の軍艦、有力海賊たちを次々と撃破していたのだ。世界政府は早急に七武海を招集、しかし、それを知ったワールドは、逆に七武海を捕らえ、大いなる野望実現のためのおとりとして使うことを画策する。そのターゲットに選ばれたのは、ルフィたちとも縁の深いボア・ハンコック。果たしてハンコックは、「世界の破壊者」の異名を持つワールドの手に落ちてしまうのか？そしてルフィは！？描かれることがなかった修業期間中のルフィの活躍が今、明かされる。