仕事もプライベートも冴えない青年ウェスリー（ジェームズ・マカヴォイ）。そんな彼の前にある日、謎の美女フォックス（アンジェリーナ・ジョリー）が突然現れる。彼女は、ウェスリーの亡き父が秘密暗殺組織“フラタニティ”をけん引する凄腕の暗殺者だったと語る。しかも父亡き今、ウェスリーは組織を継承する立場にあると言い、暗殺者としての潜在能力を覚醒させるため、フォックスの下で特訓を受けることになるウェスリーだったが…。