“審判の日”から10年後の2018年、機械軍〈スカイネット〉の猛攻により、人類は滅亡に瀕していた。人類軍の指導者となり、部隊を率いる勇敢な戦士、ジョン・コナー（クリスチャン・ベイル）は、リーダーとして立ち上がることになる。そして、過去の記憶を持たない謎の男マーカス（サム・ワーシントン）と出会い、ふたりはスカイネットの核心に迫っていく。