湾岸署管内で国際環境エネルギーサミットが開催され、湾岸署署員たちは警備へと駆り出されていた。そんな中、サミット会場で誘拐事件が発生。大勢の人が取り囲んで見ている中での犯行。数時間後に被害者は射殺体で発見される。使用されたのは、警察が押収した拳銃であった。
緊急招集された捜査会議では、すべての捜査情報を鳥飼管理官（小栗旬）へ文書で提出することが義務づけられ、使用された拳銃の情報はおろか、所轄の捜査員には一切の情報が開示されない異例の捜査方法が発表される。そして、第2の殺人が発生。その捜査の過程で、青島（織田裕二）にある嫌疑が掛けられ辞職勧告が下される。さらに、室井（柳葉敏郎）までもが組織の大きなうねりに呑み込まれ、職を解かれようとしていた。
それでも懸命に捜査を続けた青島に、“真下（ユースケ・サンタマリア）の息子が誘拐された”という最悪の知らせがもたらされる…。