17世紀、海賊たちが大海原を荒らしまわっていた遥かなる時代。
カリブ海の港町ポートロイヤル。美しい総督の娘エリザベス（キーラ・ナイトレイ）は、かつて海上で助けた少年ウィルが身につけていた黄金のメダルを手に入れ、今も密かに保管していた。
そんなある日、町は突然ブラックパール号に乗ったバルボッサ船長（ジェフリー・ラッシュ）率いる海賊の襲撃に遭い、エリザベスがさらわれてしまう。海賊の目的は、彼女がその時身につけていた例の黄金のメダルだった。
一方、鍛冶屋で働く逞しい若者へと成長したウィル（オーランド・ブルーム）は思いを寄せているエリザベスを救うため、幽閉されていた元ブラックパール号船長で一匹狼の海賊ジャック・スパロウ（ジョニー・デップ）と手を組み、エリザベスの救出に向かうのだが…。