「水の都」「アドリア海の女王」とうたわれる、イタリア北東部に位置する街、ベネチア。6世紀頃、ベネト人がたどり着き、優れた技術で湿地帯に街を築いたと言われるこの街は、1987年に世界遺産に登録され、100を超える島々とその周囲のラグーナ（潟）から成り立っている。
イタリア本土とは、海の上を走る約4kmの線路と、それに並行する道路とで結ばれるのみの、まさに海に浮かぶ”孤島”、水の都。その美しい景観で、世界中のツーリスト達を魅了するこの街が、近年、増加するアクアアルタ（高潮）による影響を受け、水没の危機に瀕している…。
この街を、今回の旅人、ある映画からベネチアの危機を知った、女優・片平なぎさと、世界遺産ベネチアの建築群に興味を持つ、東京大学建築学科出身の菊川怜が訪れた。ベネチアの華やかな文化に触れながら、この街の現状を体感すると共に、水没の危機から街を救う為の国家プロジェクト「モーゼ計画」の現場にも訪れ、水の都からの緊急メッセージに耳を傾ける…。