時は、大海賊時代。
この世の全てを手に入れた男、海賊王ゴールド・ロジャー。彼が死に際に放った一言は全世界の人々を海へと駆り立てた。
「俺の財宝？　ほしけりゃくれてやる！　探せ！　この世のすべてをそこに置いてきた」
ロジャーが遺した富と名声と力の「ひとつなぎの大秘宝（ワンピース）」を巡って幾人もの海賊たちが旗を掲げて戦っていた。
そして、そんな海賊に憧れる一人の少年ルフィ。「悪魔の実」の能力により、一生泳げない体の代わりに、全身がゴムのように伸びる不思議な体を手に入れた少年！　命の恩人・海賊団のリーダー・シャンクスからもらった麦わら帽をトレードマークに、ルフィは航海に出た。さまざまな冒険をくぐり抜けた彼には、今や8人の仲間たちがいる！
新たな仲間・サウザンドサニー号で航海する彼らは、魚人島の入り口となるシャボンディ諸島に立ち寄るが、そこで、世界を支配する天竜人ともめ、海軍大将黄猿と闘うことに…
そして、そこに現れたもう一人の七武海、バーソロミュー・くま　の能力にかかり　次々と仲間が消されていった…
ルフィが飛ばされた場所は「アマゾン・リリー」男子禁制の女人国であった！！