1997年、世界で人気を呼んだ前作「MIB」に続く、SFXエンタテインメント大作第2弾！　地球上に共存するエイリアンたちを一括管理する最高機密機関“MIB"の最強エージェント・KとJのコンビの活躍を描く。

5年前、相棒のK（トミー・リー・ジョーンズ）とともに地球の危機を救ったJ（ウィル・スミス）は、いまやMIBのエリート捜査官になっていた。平穏な日々を送っていたが、ある日、地球上ではランジェリーのモデルとして活躍している超セクシーエイリアンのサーリーナ（ララ・フリン・ボイル）たちが、MIBの本部全体を人質に取ってしまう。一人助かったJが頼れるのは、いまや引退している元相棒のKのみだったが、Kは本人の志願によりエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。
Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに再び地球を救うことができるのか？