壹岐正（唐沢寿明）は、防衛庁から近畿商事に流れた機密漏えい事件に関して、警視庁捜査二課から任意での出頭を求められる。壹岐は、防衛庁の第2次防FX（=次期主力戦闘機）の受注をめぐり、部下の小出宏（松重豊）にライバルであるグラント社の価格見積表を入手させた。その機密書類の出所は、川又伊佐雄（柳葉敏郎）の部下である防衛庁の芦田国雄（古田新太）だった。芦田とともに逮捕された小出は、会社側からトカゲの尻尾切りにあったことを知り、悪いのは壹岐だと証言していた。捜査当局も、すでに今回の事件の中心人物は壹岐だと断定していた。

近畿商事東京支社長・里井達也（岸部一徳）に電話を入れた壹岐は、任意出頭を求められたことを報告する。里井は、今回の件はすべて小出が独断でやったもので、近畿商事側には機密書類の類は一切ないと突っぱねるよう念を押した。

壹岐が警察に出頭したという情報は、防衛庁官房長の貝塚道生（段田安則）を通じて、東京商事の鮫島辰三（遠藤憲一）にも伝わっていた。鮫島は、ラッキード社派の政治家が今回の機密漏えい事件をもみ消すのではないかと危惧していた。すると貝塚は、検察庁が決定的な物証を得ている以上、捜査の打ち切りはない、と断言する。

出頭した壹岐は、警視庁捜査二課長の井上（藤木孝）の追求に対し、機密書類漏えいに関する近畿商事の関与や、小出への指示などを全面否定する。だが、井上ら捜査当局は、小出が隠した複写機の場所や、経済企画庁長官・久松清蔵（伊東四朗）の関与などもつかんでいた。その際、壹岐は、漏えいしたグラント社の価格見積表が、実は川又のものであったことを教えられる。それでも壹岐は、最後まで書類の存在を否定し続けた。

ところが、壹岐が会社に戻ってみると、状況が大きく変わっていた。すでに、大門一三（原田芳雄）は里井に対し、防衛庁から入手した書類をすべて捜査二課に提出するよう指示していたのだ。事態を収拾するために久松と自由党幹事長の三島（神山繁）が動き、近畿商事が入手した書類をすべて提出することで、検察庁と防衛庁の貝塚官房長を抑えたからだった。しかも、近日中に国防会議が非常招集され、第2次防FXはラッキードF104に正式決定することになっているのだという。

それを聞いた壹岐は、書類の提出はもはや形式的なものであることは明らかだとし、提出する書類の取捨選択をさせてほしい、と大門に願い出た。書類の中には、防衛庁のどこから流れたのかがわかってしまうものがあるからだ。しかし大門は、すでに防衛庁の警務隊が漏えいした書類をすべて把握していることを理由に、断固としてそれを許可しなかった。

今回の事件で、第2次防FXは、グラントのスーパードラゴンF11に逆転決定すると信じていた鮫島は、ラッキードに決定した、という貝塚からの連絡に声を荒げた。実は貝塚は、三島幹事長から、近畿商事の件を見逃せば防衛次官に昇格させる、と持ちかけられていたのだ。電話を切った鮫島は、机の上に飾ってあったスーパードラゴンF11の模型を叩き割って悔しがった。

あくる日、川又は、貝塚から呼び出される。そこで貝塚は、近畿商事に漏えいした機密書類が川又のものだったこと、芦田が川又の指示で書類を持ち出したと証言したことを受け、その責任を厳しく追及する。怒りをこらえ、貝塚のような人間が官房長のポストにいること自体が自衛隊の悲劇だ、と言い残して立ち去ろうとする川又。貝塚は、そんな川又に、明日付けで防衛部長を解任し、今回の一件を央警務隊長が 直々に取り調べることになっている、と告げた。

その夜、川又は、防衛庁に辞表を提出すると、その足で壹岐の家を訪れる。事情を聞いた壹岐は、グラントの価格見積表を入手するよう小出に命じたことを告白し、川又に謝った。その際、川又は、自衛隊の次期戦闘機がラッキードF104に決まったことを壹岐から教えられる。だが、もはや自衛隊に自分の居場所がないことを悟っていた川又は、国民に支持してもらえる自衛隊を作りたかった、とその無念の思いを口にした。

川又と酒を酌み交わした壹岐は、彼を駅のホームまで見送った。電車の中から、壹岐に敬礼をして笑顔を見せた川又。それが、彼の最後の姿だった。川又は、自宅とは逆方向の線路で、轢死体となって発見されたのだ。川又の妻・久代（長野里美）から電話をもらい、事故現場で身元の確認をしたのは壹岐だった。

壹岐は、妻の佳子（和久井映見）とともに川又の葬儀の手伝いにいった。焼香にやってきた貝塚は、川又の死が公務死扱いになるよう取り計らおうと思っている、と壹岐に告げると、こう続けた。「もし遺書のようなものを君が預かっていたり、今後出てくるようなことがあったら、処分してくれるだろうね」。その言葉に怒りを爆発させた壹岐は、貝塚の胸倉につかみかかった。佳子に止められた壹岐は、自責の念、そして貝塚に対する怒りをどうすることもできず…。

壹岐は、久松の元を訪れ、今回の力添えに対して礼を言った。毎朝新聞の記者・田原秀雄（阿部サダヲ）は、川又が本当は自殺したのではないかと疑っていたが、壹岐は何も言おうとはしなかった。夕刊の一面には、自衛隊の次期戦闘機がラッキードF104に決定した、との記事が踊っていた。同じ新聞の片隅には、川又の事故死に関する記事も掲載されていた。

あくる日、大門の元を訪れた壹岐は、退職させてほしい、と願い出るが…。