朱咲高校の裏庭。宮村（井出卓也）と次期生徒会長の座を争う、小田切寧々（大野いと）に呼び出された山田（山本裕典）は「前から気になってたんだ…」と突然の告白を受ける。困惑する山田に構わずキスしようとする寧々。入れ替わってしまうことを恐れた山田だったが、強引に唇を奪われてしまう。
翌日、山田は、寧々に告白されて無理矢理キスされたことを宮村に明かす。と、宮村はあることに気づく。山田と寧々の間に起こった不思議な現象を解明する為、超常現象研究部の部室で人目を忍んでキスをする山田と宮村。ところが入部希望と称して突然入って来た伊藤雅（トリンドル玲奈）に現場を目撃されてしまう。誤解を解くために、仕方なく“キスは神聖なる入部の儀式”であるとデタラメな説明をするが、雅は「私は本気よ！」と山田にキスをする。その直後、宮村と雅の山田に対する態度が豹変して…。
宮村から魔女伝説ノートの存在を聞き出した雅に、手元にない下巻を探そうと『開かずの間』に連れて来られた山田は、偶然、寧々と五十嵐潮（間宮祥太朗）の話を聞いてしまう。潮が寧々の手下になっていることに疑問を感じる山田。何やら山田と潮の間にはただならぬ因縁が…。
うらら（西内まりや）の分析によって、身の回りに起こる不思議な現象と自分の能力が理解できてきた山田は、宮村や雅にも乗せられて魔女を探すことを決意する。
一方、うららと山田がキスしているのを違う場所から目撃している人物がいた…。