1966年にスタートしたアメリカのSFテレビシリーズ『スタートレック』はその独創的なストーリー設定から世界中に一大ブームを巻き起こした。
　スタート当初からの変わらぬ精神は『新スター・トレック』、そしてこの『スタートレックディープ・スペース・ナイン』（1993年第1シーズン・アメリカでスタート）と引き継がれていった…。
　世代を超えたファンの見守る中、広大な宇宙を舞台にしストーリーが新たなる登場人物を得て2001年8月9日（木）深夜27:20～28:15日本でもスタートする…。


　24世紀初頭、辺境の惑星・ベイジョーの近くでワームホール（銀河間を結ぶトンネル状の近道）が発見された。このことによりベイジョーは銀河の果ての未踏の地への入り口として、戦略的に重要な拠点となった。
　だが、100年前のベイジョーの住民と征服者、カーデシア人との闘争の結果、ベイジョーは焦土と化し、水は汚染されていた。
　そして、そこにはカーデシア人の宇宙ステーションであった“DEEP SPACE NINE”（以下“DS9”）が、最新のテクノロジーと防衛機能をはぎ取られたまま残されていた。
　ベイジョーの宇宙連邦加盟のため、宇宙連邦政府はベンジャミン・シスコを司令官として“DS9”に派遣する。ベイジョー奪回を目論むカーデシア人ら敵対勢力に囲まれ、銀河の果てを目指すあらゆる航行者（探検家、商人、スパイまでも）が集まり来る“DS9”を舞台に、シスコ以下乗組員の冒険と苦闘が始まった。