夜道を、長谷川平蔵（中村吉右衛門）が歩いていると、覆面をつけた刺客・石動虎太郎（尾上菊之助）が現れる。急襲に、平蔵も追い詰められるが、間一髪のところで追い払う。以前にも、平蔵の部下が刺客に次々と襲われ、命を落とした者もいた。平蔵は、刺客の構えが若いころに牛久で手合わせをした剣豪の構え「雲竜剣」と似ていることを思い出す。
平蔵が襲われた翌日、平蔵宅の門番が刺客に斬られ命を落とす。さらに数日後、牛込の薬種屋「長崎屋」に凶賊が押し入り、16名が惨殺される事件が起こる。自分たちのことにかまけて、見回りが手薄になっていたことを悔やむ平蔵は、上司の京極備前守（橋爪功）に、見回りの増員を頼む。密偵のおまさ（梶芽衣子）らの働きで、牛久に行き場のない年寄りや貧しい人々が無料で泊まる「報謝宿」があり、それを元武家で医師の堀本伯道（田中泯）が営んでいることが分かる。伯道は「雲竜剣」の使い手で、盗賊でありながら、本気で人助けをしているとのこと。
その後、平蔵は謎の刺客・虎太郎をおびき寄せるため、あえて1人で市内を見回る。夜道で虎太郎と出会う平蔵。一触即発の状況下に、伯道が姿を現す。共に「雲竜剣」の使い手である伯道と虎太郎は実の親子であった。若いころに、手合わせをしていた平蔵と伯道、そして父・伯道との間に深い葛藤があり、悪に手を染めることとなった虎太郎が一堂に会し、物語は衝撃的な結末を迎える。