始業式の朝、小原南中学校の3年2組の教室は、新しく赴任してくる担任教師の話題で持ちきりになっていた。その教師が、隣のクラスの副担任・林邦彦（北山宏光）も住むマンションの、よりによって幽霊が出るとうわさのある部屋に越してくるというのだ。
だが、始業式が始まってもその教師は現れず、3年2組の副担任・河合千穂（前田敦子）らはソワソワ。式の最中、新任の副校長・霧澤和泉（真矢みき）が校則違反の生徒を厳しく注意したことから、教師や生徒たちに緊張感が走る。そんな中、ひょっこり現れたのが、初日から遅刻してきた新任教師・神山暁（香取慎吾）だった。
放課後、暁は林とともに新居の“幽霊部屋”へ。林から幽霊にまつわるうわさを聞く。幽霊は部屋の元住人で、かつて小原南中に勤めていた教師。生徒とうまくいかず心を病み、学校で亡くなったという。そんな不気味な話にも、まったく動じない暁に林は驚く。
その夜、暁の前にさっそく女の幽霊（杏）が現れた。幽霊は猛然と襲いかかるが、暁は少しも慌てず、「邪魔すんな」と清めの塩と数珠で応戦。あっけなく幽霊を撃退してしまう。じつは暁は、幽霊が見え、話もできる“霊感体質”。おかげで人恋しい幽霊たちにつきまとわれ、うんざりしていたのだった。だが、自分の姿が暁に見えると知った幽霊は大喜び。この部屋に住みつく地縛霊のアカネと名乗り、構ってもらおうと堂々と姿を現すようになってしまう。
一方、小原南中では、始業式で和泉に注意された生徒の母親が「全校生徒の前で恥をかかされた」と学校に乗り込む騒ぎが。和泉は毅然とした態度で突っぱねるが、母親が教育委員会に訴えると言い出す。暁のクラスでも、生徒の相田拓途（神宮寺勇太）が学校をサボり、高校生とゲームセンターにいる姿が目撃される。暁は千穂から、拓途が忙しい両親に代わって面倒をみてくれた祖父を亡くして以来、学校を休みがちになったと聞くが、生徒の問題に深く関わる気はないと冷めた態度を見せる。
暁が帰宅すると、アカネが友だちの浮遊霊・吉岡（佐藤二朗）、その恋人のメグミ（上間美緒）を勝手に連れ込んでいた。3人の話から、生前のアカネが教師だったことを知る暁。自分の死因も名字も思い出せないが、教師としての情熱だけは残っていたアカネは、生徒に興味がないという暁の気持ちが理解できない。そんなとき、暁に拓途の緊急事態を知らせる電話が入り…。