北山（尾美としのり）の死が覚悟の自殺で、島津（安田顕）を陥れようと仕組まれたものだったことを暴かれた宇佐見（福士誠治）は田口（伊藤淳史）を撃って逃走。肩に銃弾を受け、多量の出血で意識を失った田口は救急救命センターに運び込まれた。白鳥は慌て、救急救命医の佐藤（木下隆行）と和泉（加藤あい）に「死なせるなよ！　絶対に助けてくれ、頼む！」と訴える。

　田口は奇跡的に一命を取りとめ、翌朝、意識を取り戻した。田口を見舞った白鳥は、銃弾が肩を貫通していたことを佐藤から聞き、北山の事件に残されたある謎に気づく。

　一方、斑鳩（高橋克典）は部下に命じて逃亡した宇佐見を探すが、行方は一向につかめない。銃を所持している宇佐見は危険だという部下に、「最悪の場合は…射殺もやむを得ない」と冷酷に告げる斑鳩…。

　この後、斑鳩はようやく開放されることになった島津を東城医大に送り届ける。島津は「警察が無実の人間に頭を下げる日」と、今日が20年前の冤罪事件の再審判決が出る日であることを斑鳩に告げると、「俺にも頭を下げろ」と謝罪を要求。島津のただならぬ気迫から、斑鳩の脳裏にある疑惑が浮かぶ。

　まもなく、20年前の事件の判決が出た。犯人として逮捕された松崎行雄（六平直政）は“無罪”。冤罪であることを司法が認め、窮地に陥った警察は記者会見を開く。もはや謝罪は避けられない斑鳩の言動を、田口らは固唾を呑んで見守るが、そのしたたかな対応にあ然となる。

　斑鳩はこれまでひた隠しにしてきた北山の自殺を発表したのだった。事件の捜査責任者だった北山が、誤ったDNA鑑定を信じたことを苦に命を絶ったと涙をにじませながら語り、報道陣の同情を誘う。当時鑑定を行った笹井（小西真奈美）の父親にすべての責任があるよう匂わせ、警察への追及をそらすことで謝罪を回避したのだ。そんな斑鳩の姿を映し出すテレビ画面を、硬い表情で見つめる笹井。

　「北山さんの死を無駄にしない…ってこういうことか」と斑鳩の計算高さに舌を巻く白鳥。三船（利重剛）は見事な芝居だと感心するが、田口は斑鳩の涙が芝居には思えず…。

　そんな中、白鳥が新たに浮上した謎を田口に明かす。北山を撃った弾丸は、なぜ頭蓋骨を貫通せず脳内に留まっていたのか？「僕らはまだ100％の真実にはたどり着いてなかったのかもしれない」と白鳥は田口とともに謎の解明に乗り出す。