元自衛隊員の稲見朗（小栗旬）と、元公安の捜査員・田丸三郎（西島秀俊）が所属する公安機動捜査隊特捜班は、警察庁警備局長・鍛冶大輝（長塚京三）直轄の秘密部隊。常識では計れない事件に脅かされる現代で、各分野のスペシャリスト5人が集結し、国家に危機をもたらす政治的事件やテロを秘密裏に捜査し、解決を図る。

ある日、高層ビルが立ち並ぶ広場に、首に爆弾を巻かれた宇田川圭介（白洲迅）が現れ、辺りは騒然となる。現職の外務大臣の息子である圭介は、これまで薬物や傷害など数々の罪を犯してきたが、親の権力によって逮捕を免れてきた、いわくつきの人物。犯人は、息子の罪を隠ぺいした外務大臣に、夜のニュース番組での公開謝罪を要求。さもなければ、公衆の面前で圭介を処刑するという。鍛治からの指令を受けて、現場に急行した稲見や田丸、樫井勇輔（野間口徹）、大山玲（新木優子）ら特殊班のメンバー。親の加護のもと、やりたい放題の圭介に反感を抱きつつも、班長・吉永三成（田中哲司）の指示で実行犯の逮捕に向けて動き出す。

タイムリミットが刻々と迫るなか、稲見と田丸は事件の鍵を握る人物に接触。そこで、ある驚きの事実を知ることに。さらに稲見は犯行現場に関して、ある疑問を抱いて――。