いつものような城西支部の朝。寝不足気味で登庁した久利生公平（木村拓哉）は、麻木千佳（北川景子）に深夜のネット通販のやり過ぎを指摘され、田村雅史（杉本哲太）は妻が勝手に飼い犬を増やしたことを嘆く。ところが、いつもとは違うことが起きていた。遠藤賢司（八嶋智人）がいない。その時、電話に応対していた川尻健三郎（松重豊）の驚がくの声が響く。牛丸豊（角野卓造）からの連絡で、なんと遠藤は殺人未遂で逮捕されていた。
城西支部には特捜部が乗り込み、遠藤の身の回りの品物が押収される。そして、特捜部検事の首藤礼二（石黒賢）が、遠藤の取り調べは自分たちで行うと宣言した。
首藤は神田川事務官（渋川清彦）を伴って取り調べを始める。遠藤にかけられた嫌疑は、ダイニングバーで発生した男性の刺傷。合コン中、たまたま事件に巻き込まれたと主張する遠藤だが首藤は納得しない。遠藤の私物から、自らを検事とする名刺が発見されたことも信用を失っていた。これには城西支部メンバーもあきれてしまう。
久利生と千佳は、別の案件でお出かけ捜査。その帰り、遠藤に刺されたという被害者が入院する病院へ。しかし、被害者の病室には検察官が張り付いていた。それでも、久利生と千佳は看護師から、被害者は代議士の私設秘書だという情報を得る。
川尻は牛丸に被害者の身元を確認するが、何かを隠している様子。首藤の取り調べも進む気配がない。本当に遠藤の犯行なのか？久利生たちは事件の真実を捜し始める。