―――“東の海”壊滅！？
旅を続ける麦わらの一味に突然のニュースが飛び込んできた！故郷の危機にルフィたちは冒険を中断し“東の海”に戻ろうとするが、その時上空から謎の海賊船が現れた。
その空飛ぶ船に乗っていたのは恐るべき悪魔の実の能力者“金獅子のシキ”！！
シキは、海底監獄インペルダウンを脱獄した、海賊王ゴールド・ロジャー、白ひげと並ぶ伝説の海賊だった！！
彼はナミを連れ去り、麦わらの一味全員を、悪魔の実の能力を使って上空から振り落としてしまう！バラバラになったルフィたちが辿りついたのは、見たこともない凶暴な生物たちが弱肉強食の戦いを繰り広げる空飛ぶ島々だった…。
シキに涙ながらに仲間にしてくれと頼むナミ…。独自の進化を遂げた島の生物たち…。いったい麦わらの一味に何が起こったのか！？
シキの恐るべき野望とは何なのか！！？
ルフィたちの運命を賭けた冒険が、今始まる！！