世界最大級の天然ガスプラント「レガリア」の爆発事故から2年。仙崎大輔（伊藤英明）は自ら志願し、海難救助のエキスパートであり最も危険な事案に従事する「特殊救難隊」で後輩の吉岡（佐藤隆太）と共に海難現場の最前線にいた。
嶋副隊長（伊原剛志）の指導の下、日々苛烈な任務に就いていた2人だが、充実した毎日を送っていた。大輔の妻・環菜（加藤あい）は2人目の子を身ごもり、吉岡にはキャビンアテンダントの美香（仲里依紗）という恋人ができていたのだ。
そんな折、美香の搭乗するジャンボ旅客機が羽田空港を目指し飛行中、エンジンが炎上し飛行が困難な状況に陥る。様々な救助案が検討される中、総合対策室の下川救難課長（時任三郎）は、夕闇が迫り視界が悪くなる状況の中で、前代未聞の東京湾への着水を提案する。しかし、海上着水に成功したとしてもジャンボが浮かんでいられる時間はわずか20分。機体が沈む前に乗員乗客346人全員を助け出す事が出来るのか！？
特救隊や現場に駆け付けた第五管区の服部（三浦翔平）たち、警察、消防、現場周辺の関係機関を巻き込んだ空前の大救出計画を、日本中が固唾を飲んで見守る中、G－WING206便の村松機長（平山浩行）は東京湾着水に向けて降下を始める…。しかし、予想だにしない事態が仙崎たちを待ち受けていた―。