深海から突然、出現した巨大で凶暴なエイリアン“KAIJU”。それは何年にもわたって何百万もの人命を奪い、人類の資源を消耗していく戦いの始まりだった。巨大なKAIJUと戦うため、人類は特殊な兵器を開発。“イェーガー”と名づけられたその人型巨大兵器は2人のパイロットが同時に操縦する。
彼らは操縦前に、神経ブリッジを通して互いの脳を同調させる“ドリフト”というプロセスを経て戦闘態勢に入るのだ。最初は優勢だったイェーガーだが、KAIJUは出現のたびにパワーを増していき、その容赦ない襲撃の前に、人類は対抗できなくなっていく。
いよいよ滅亡の危機に瀕し、人類を必死に守っている者たちに残された選択肢はただ1つ。疲れきって一度はパイロットをやめた男（チャーリー・ハナム）と、実戦経験のない新人（菊地凛子）という、ふつうなら考えられない2人がコンビを組み、旧式のイェーガーで戦うことになった。彼らは、迫りくる滅亡を食い止める人類最後の希望としてKAIJUに立ち向かう。