本家トキ屋拘蛟龍堂〈こうりゅうどう〉と元祖トキ屋拘蛟龍堂は長年いがみ合ってきた歴史を持つ薬問屋。万右衛門〈まんえもん〉が一代で起こした薬問屋で越歴丸〈えれきがん〉という薬を開発、万右衛門が病に倒れた後は2人の愛弟子に調合法を伝授。愛弟子は犬猿の仲だったため憎み合った末に本家と元祖という2つのトキ屋拘蛟龍堂が生まれてしまった。ある日、ついに事件が起きる。本家の長男・喜一郎（遠藤要）が元祖の若旦那・丸部長彦（忍成修吾）のもとに殴り込みもみ合いの末、長彦に劇薬をかけて失踪してしまうという事件が起きる。
2年後。金田一耕助（山下智久）は事件を1つ解決し新聞にも初めて取り上げられたものの、家賃も滞らせてしまうほどまだまだ駆け出しの探偵。そんな、金田一のもとに依頼が舞い込み、早速依頼者の元に走る。向かったのは本家トキ屋拘蛟龍堂。依頼者はトキ屋拘蛟龍堂の長女で喜一郎の妹・初恵（武井咲）だった。その美しさに息をのむ金田一。初恵は最近何者かに尾行されているという。が、まだこの時はこの先に待ち受けている世にも残忍かつ冷酷、そして巧妙なトリックの上にトリックが潜む事件だとは金田一も知るよしもなかったのだった…。そのころ新聞で金田一が偶然現場にいたことにより、事件解決という記事を読んでいる明智小五郎（伊藤英明）の姿が。金田一に興味を持った明智は、早速金田一の元を、身分を隠して訪れるのだった。